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Batchsystem

Jobklassen

Für alle speicher- und zeitintensiven Rechenjobs im Cluster ist die Verwendung des Batchsystems zwingend notwendig.
Als Batchsystem wird die Sun Grid Engine eingesetzt (Nachfolger von Codine). Das System verwaltet Warteschlangen für alle Compute Server entsprechend deren Ressourcenausstattung und verteilt die abgeschickten Jobs auf einen passenden Rechner. Wichtigstes Kriterium für die Verteilung von Jobs ist die Definition von Jobklassen.

Submit Script
Das Abschicken von Jobs erfolgt über ein kurzes Script, welches beispielsweise wie folgt aussieht:

	#$ -l class_L			# Jobklasse (u.a. Anforderungen)
	#$ -N testjob			# Name des Jobs
	#$ -e /dev/null			# keine Fehlerausgabe
	#$ -o /dev/null			# keine Standardausgabe
	#$ -m n				# keine Mails
	#$ -cwd				# Aufruf im akt. Verzeichnis
	cd /home/testuser/gaussian	# Wechsel in Verzeichnis
	/home/optapps/g09/gau test	# Programmaufruf mit Input

Dieses Script wird üblicherweise als eigene Datei gespeichert, z.B. als "Lgauss". Bei Bedarf kann man verschiedene Scripts z.B. für verschiedene Jobklassen und Programme anlegen, so daß immer nur Input-Name zu ändern ist.
Mit dem Kommando qsub XLgauss erfolgt nun im genannten Beispiel das Abschicken ("Submit") des Jobs.

Für einige besonders häufig genutzte Anwendungen stehen ausführbare Kommandos zur Verfügung, die das Anlegen und Editieren eines eigenen Scripts überflüssig machen. Diese Kommandos dürfen nicht mit einem fertigen Script verwechselt werden !
Derzeit sind direkt aufrufbar ( /usr/local/bin ):

• Mg09, MKg09, Lg09, LKg09, VLg09, XLg09 (GAUSSIAN 09 für verschiedene Jobklassen)
• Mg03, MKg03, Lg03, LKg03, VLg03 (GAUSSIAN 03 für verschiedene Jobklassen)
• Mgms, MKgms, Lgms, LKgms, VLgms, XLgms (GAMESS 2009 für verschiedene Jobklassen)
• Mmop, MKmop, Lmop, LKmop, VLmop (MOPAC 2000 für verschiedene Jobklassen)

Jobverteilung und -verwaltung
Die Verteilung der Jobs auf die Maschinen erfolgt je nach freien Queues in der jeweiligen Jobklasse. Jobs haben umso geringere Priorität, je mehr Jobs des Nutzers bereits laufen. Die Priorität innerhalb der Jobs eines Benutzers ist standardmäßig immer gleich, dies kann aber vom Benutzer verändert werden (entweder beim Abschicken ("qsub") oder bei bereits in der Schlange wartenden Jobs durch das "qalter"-Kommando.
Achtung: Ohne oder mit falscher Angabe einer Jobklasse im Submit-Script wird der Job in die Schlange eingereiht, wird aber niemals anlaufen !

Die wichtigsten Kommandos sind:

• qsub: Abschicken von Jobs
• qdel: Löschen von Jobs
• qstat: Anzeige aller laufenden und wartenden Jobs
• qhost: Anzeige aller Maschinen und Auslastung

Außer dieser vollständig über die Kommandozeile abzuwickelnden Befehle existiert ein graphisches Interface ("qmon") für die Nutzung unter XWindows.

Voraussetzungen für die Nutzung

• Account für das Compute Cluster
• Rechte für die jeweiligen Queues
• Eingerichtete Umgebung:
  source /home/sge60/chemie/common/settings.csh (csh) bzw.
  . /home/sge60/chemie/common/settings.sh (ksh),
  dadurch wird auch der Pfad zu den Befehlen (qsub, qstat, ...) gesetzt. Der o.g. Aufruf sollte sinnvollerweise im Login-Script eingefügt werden.

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