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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Konvertierung von Tinker-Konformeren zu MSIM-conformers.NetCDF-Dateien. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Die erstellten Konformerensätze können leicht in die MSIM-Umgebung eingebunden, optimiert und ladungsäquilibriert werden:

  1. In Unterordnern berechnete Konformere werden per change_and_link_KONF.sh zusammengefasst.
  2. Im neuen Ordner "1-10000" werden die Tinker-Dateien konvertiert.
  3. Dazu wird das Werkzeug Tinkerset2confNetCDF.tcl eingesetzt. - Fertig.

Die folgenden Schritte werden nicht im Video gezeigt, sind jedoch wichtig:

  4. Ladunsbewertung per QEQ_mol-tcl-Modul.
  5. Gemoetrieoptimierung per Optimize_mol-tcl-Modul.
  6. Abschließende Ladunsbewertung per QEQ_mol-tcl-Modul.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                                    HTML/CSS validiert.