TU Dresden     
TU Dresden » Fakultät Mathematik und Naturwissenschaften » Fachrichtung Chemie und Lebensmittelchemie » Biochemie I
FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

Zurück zur Übersicht
Einbinden einer mol2-Struktur in die Modellierungsumgebung MSIM. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Das Standardeinleseformat für die Molekülsimulationsumgebung MSIM ist das mol2-Format. Der Weg zur Generierung eines solchen Moleküls wurde bereits beispielhaft beschrieben. Hier folgt nun die Einbindung der mol2-Datei in das Modellierungssystem als "NetCDF-conformers."-"NetCDF"-Paar und Ausgabe von Tinker-Dateien zur Konformerensuche:

  1. Die MSIM-Umgebung wird initialisiert: source ~/evocap-msim/msim/method/msim.sh
  2. Nun wird die mol2-Datei für MSIM vorbereitet über das Werkzeug AromaticPatcher.tcl )*
  3. Die resultierende mol2-Datei mit dem Zusatz NOAR kann nun konvertiert werden.
  4. Dieses erfolgt durch Aufruf von Mol2NetCDF.tcl
  5. Per Optimize_mol.tcl erfolgt eine Geometrieoptimierung im Kraftfeld MMFF94.
  6. NetCDF2Tinker.tcl erstellt die xyz-/key- und prm-Dateien für eine Konformerensuche im Tinker-Programm

)* Dieses Werkzeug verändert mol2-Dateien mit delokalisierten aromatischen bindungen zu diskreten Anordnungen. Zusätzlich werden Anpassungen für verschiedene Stickstoffe vorgenommen.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                   Datenschutz                                    HTML/CSS validiert.