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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Beispiel - Erstellen einer interaktiven VRML-Datei zur Visualisierung der Wechselwirkung individueller Wassermoleküle eines Clusters. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Im Beispiel wird die Analyse der individuellen Wechselwirkungen der Wassermoleküle mit einer interaktiven VRML-Datei verknüpft. Die im Cluster enthaltenen Solventmoleküle können in der Reihenfolge ihrer Wechselwirkung beginnend mit dem Minimum respektive Maximum ein-/ausgebelndet werden.

  1. Die log-Datei enthält die individuellen Wechselwirkungen der Wassermoleküle
  2. Die mol2-Datei des Clusters (generiert per Cluster2mol2-tcl-Modul) wird ins Format VRML 1 (*.wrl) konvertiert.
  3. Genutzt wird der DS ViewerLite, Nachfolgeprogramm ist der kostenlose DS Visualizer.
  4. Im EXCEL-Programm werden Einstellungen zur Bearbeitung der Dateien vorgegeben.
  5. Per Makro wird eine interaktive VRML-Datei erzeugt.
  6. Die Ergebnis-Datei kann in einem VRML-Betrachter (z.B. GLView oder online per Shout3D) dargestellt werden.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                                    HTML/CSS validiert.