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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Beispiel - Analyse der erzeugten Cluster. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Nach einem Docking-Experiment können die erstellten Cluster analysiert werden. Folgende Schritte werden gezeigt:

  1. Die Unterordner der Ergebnis-Cluster werden per change_and_link_cluster.sh in einen Ordner zusammengestellt.
  2. Im Analyse-Ordner 0-1000 sind alle Ergebnisse verlinkt. Zusätzlich werden zusätzliche Dateien benötigt.
  3. Die Startstrukturen aller beteiligten Moleküle (*startstrk.NetCDF, *startstrk.conformers.NetCDF) werden kopiert.
  4. Die beim Docking verwendete Datei parameter.tcl wird kopiert.
  5. Eine Beispiel-Analyse zur Wechselwirkung der Wassermoleküle wird durchgeführt.

Durch Aufrufen eines Werkzeuges zur Analyse ohne zusätzliche Angaben werden die benötigten Parameter und weitere Informationen ausgegeben. Im Beispiel ist der Name der Parameter-Datei und der zu analysierende Cluster anzugeben. Berechnet werden beispielhaft die Interaktion der angelagerten Wassermoleküle zu den Zentralmolekülen im Cluster mit der Nr. 75 (AlaPhe75solvopt.cluster.NetCDF). Es resultiert eine log-Datei mit den Ergebnissen. Diese können zur weiteren Analyse leicht in ein Programm wie Microsoft EXCEL oder Openoffice CALC eingelesen werden.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                   Datenschutz                                    HTML/CSS validiert.