TU Dresden     
TU Dresden » Fakultät Mathematik und Naturwissenschaften » Fachrichtung Chemie und Lebensmittelchemie » Biochemie I
FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

Zurück zur Übersicht
Beispiel - Ablauf zur Erstellung von Konformerensätzen. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Ausgangspunkt sind eine Tinker xyz-, key- und prm-Datei, welche aus der NetCDF-Startstruktur zu erhalten ist per NetCDF2Tinker-tcl-Modul. 000_startdynamic_maxnvp2000.sh ist ein Shellskript zum Starten der Berechnung, minimize.input respektive dynamic.input geben die Standard-Einstellungen der Simulation vor.

  1. Im Shellskript werden der Molekülname und die Anfangs-/Endstruktur eingetragen.
  2. Durch das Werkzeug links2dock.sh werden Unterordner zur parallelen Berechnung angelegt. )*
  3. In einem Unterordner wird die Beispielsimulation gestartet.

Die Bildschirmausgabe gibt einen Überblick über den Status und den Fortschritt der Berechnung.

)* Um das Experiment in parallel berechenbare Teilaufgaben für den neu erstellten Rechencluster der Biochemie zu zerlegen (z.B. 10x1000 Rechnungen statt 1x10000) kann über das Werkzeug links2dock eine Unterverzeichnisstruktur (z.B. 000, 001, 002 ... 010) generiert werden. In den einzelnen Unterverzeichnissen können dann Expermiente parallel gestartet werden, die sich automatisch auf die im Rechencluster verfügbaren Computer verteilen und die Ergebnisse auf den Hauptrechner zurückmelden.

Die erstellten Sets müssen noch ladungsbewertet werden (d.h. Berechnung der Partialladungen der Atome) und die Vielfalt der generierten Moleküle sollte über Analyse verschiedene Parameter (z.B. Gyrationsradien und Verteilung der Torsionswinkel der Moleküle) sichergestellt werden.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                   Datenschutz                                    HTML/CSS validiert.