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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Beispiel einer verkürzten Dynamiksimulation zur Generierung von Konformerensätzen. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Der Ablauf einer Dynamik-Simulation zur Generierung von Konformerensätzen wird am Beispiel von Ozarelix dargestellt:

  1. Das Startmolekül wird geladen.
  2. Das Molekül wird dynamisch verändert bei hoher kinetischer Energie im System (1000 K).
  3. Das deformierte Molekül wird geometrisch optimiert und dabei nochmals verändert.
  4. Es resultiert ein Konformer.br>

Die erstellten Sets müssen noch ladungsbewertet werden (d.h. Berechnung der Partialladungen der Atome) und die Vielfalt der generierten Moleküle sollte über Analyse verschiedene Parameter (z.B. Gyrationsradien und Verteilung der Torsionswinkel der Moleküle) sichergestellt werden.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

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