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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Docking-Experiment mit fertigen Konformerensätzen. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Für ein Docking-Experiment werden das benötigte tcl-Werkzeug (solv_cluster_mt_rand_maxnvp2000.tcl), die fertigen Konformerensätze der zusammenzulagernden Moleküle nach der Ladungs- und Geometrieoptimierung (*.NetCDF und *.conformers.NetCDF), die Sätze des Solventmoleküls (z.B. H2O.NetCDF und H2O.conformers.NetCDF) und schließlich die Steuerungsdatei für die Berechnung (parameters.tcl) benötigt. Die benötigten Dateien werden zunächst in ein Verzeichnis kopiert bzw. verlinkt. Nun wird in der Parameterdatei mit einem Editor eingetragen, wie der Name der zu dockenden Moleküle lautet und welche Anzahl davon zu realisieren ist, nur die grundlegenden Angaben werden hier näher bezeichnet:

  1. "peptid" und "n_peptid" legen den zentralen Kern fest.
  2. "partner" und "n_partner" geben die anzulagernden Moleküle an.
  3. "solvens" und "solvradius" bestimmen das Lösunsmittel und die Dicke der Solvathülle
  4. Die drei Felder "*_conf random" geben an, dass zufällige Moleküle aus dem jeweiligen Set gezogen werden sollen.

Um das Experiment in parallel berechenbare Teilaufgaben für den neu erstellten Rechencluster der Biochemie zu zerlegen (z.B. 10x100 Rechnungen statt 1x1000) kann über das Werkzeug links2dock eine Unterverzeichnisstruktur (z.B. 000, 001, 002 ... 010) generiert werden. In den einzelnen Unterverzeichnissen können dann Expermiente parallel gestartet werden, die sich automatisch auf die im Rechencluster verfügbaren Computer verteilen und die Ergebnisse auf den Hauptrechner zurückmelden. Ein Auftrag zum Docking wird schließlich vorbereitet und unter Angabe der Parameter an das Programm EVOCAP übergeben:

  source ~/evocap-msim/msim/method/msim.sh
  $MSIM/bin/evocap solv_cluster_mt_rand_maxnvp2000.tcl parameters.tcl

Die Bildschirmausgabe gibt einen Überblick über den Status und den Fortschritt der Berechnung.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                                    HTML/CSS validiert.