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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Der neue Rechencluster der Biochemie

Die Computer der Biochemie der TU Dresden wurden für die Modellierung der Peptide verfügbar gemacht. Dafür wurde im Rahmen dieser Arbeit ein neuer linuxbasierter Rechencluster aufgebaut. Er besteht aus einem bestimmten Satz von Computern, die ausschließlich für Berechnungen zur Verfügung stehen. Desweiteren können bestimmte Rechner im Labor und Büro nach dem Arbeitsende abends automatisch in den Cluster eingebunden bzw. bei Bedarf wieder freigegeben werden:

Rechencluster booten


Rechenaufgaben werden durch die Clustersoftware openMosix automatisch zwischen den vernetzten Computer gleichmäßig verteilt (sog. "load balancing"):

Rechenclusterstruktur


Die Clusterarchitektur ist beispielhaft im folgenden Bild dargestellt:

Rechnernetzwerk


Der interne permanente Cluster (links: Cl.-Regal; rechts: Cl.-Turm):

Interner Cluster Clusterturm


Arbeitsrechner, die parallel als Cluster-Computer eingebunden werden können:

PC Pool Büro


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

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