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FR Chemie und Lebensmittelchemie

Modellierung und Visualisierung von Systemen zur Beschreibung der
intra- und intermolekularen Wechselwirkungen in hydrophoben Peptiden


Elektronisches Zusatzmaterial zur Dissertation von Alexander Schneider

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Erstellen einer mol2-Datei für die MSIM/EVOCAP-Umgebung. Beschreibung unter dem Video. Hinweis zur Ausführung des Java-Applets beachten!

Zur Erstellung der benötigten mol2-Dateien für das genutzte Modellierungssystem (MSIM) wird in unserem Labor das kommerzielle Programm ChemOffice verwendet. Allerdings kann "fast" jedes Programm zum Zeichnen von Molekülstrukturen verwendet werden, welches einen direkten Export ins mol2-Format unterstützt (z.B. das kostenlose Paket Marvin) oder ein 3D-Format erstellen kann, das vom universellen Konvertierungsprogramm OpenBabel nachträglich umgewandelt werden kann. Jede erstellte mol2-Datei sollte nachträglich sorgfältig auf Fehler (z.B. Teilstrukturen, Bindungstabelle, zugeordnete Atomtypen) geprüft werden. Benötigt werden konforme mol2-Dateien mit explizit gezeichneten Wasserstoffen und korrekter dreidimensionaler Anordnung. - Schritte des Videos:

  1. Im Programm ChemDraw Ultra, rechtsklicken.
  2. "Convert Name to Structure" auswählen.
  3. Pepdidname (engl.) eingeben "Alanylphenylalanine".
  4. Ausgegebene Struktur prüfen, Änderungen einfügen.
  5. Speichern der Struktur im ChemDraw-Format (*.cdx).
  6. cdx-Datei im Chem3D Ultra öffnen.
  7. 3D-Struktur prüfen.
  8. Datei als Chem3D-C3D-Datei als Vorlage speichern.
  9. Datei zusätzlich als SYBYL2-SM2-Datei speichern.
  10. SM2-Datei in mol2-Datei umbenennen.


UPDATE 2014 - 3dwebstarter: Zur Darstellung der Internetseiten dieses Zusatzmaterials empfehle ich bei Problemen mit den Java-Einstellungen den Download und die Nutzung des 3dwebstarter-Paketes für Windows und Linux als autonomes Betrachterwerkzeug.

Damit die Darstellung funktioniert, muss eine Java-Umgebung installiert und Javascript in den Browsereinstellungen aktiviert sein. Zusätzlich wird die Bestätigung für das Ausführen des unsignierten Java-Applets benötigt. Ich bitte um Verständnis für diese Notwendigkeit und Geduld während des Ladens der 3D-Strukturen. Zum Auffinden eines bestimmten Webcodes der Dissertation auf der Hauptseite sollte die Suchfunktion des Browsers [Strg]+[F] eingesetzt werden. Zur Anpassung der Darstellungsgröße können die Tastenkombinationen [Strg]+[+], [Strg]+[-] und [Strg]+[0] in aktuellen Browsern genutzt werden.

A. Schneider                                    Impressum                                    HTML/CSS validiert.